Ostatniego dnia wiosennej przerwy, miasto niszczy kataklizm, a przed licealistą Itsuką Shido, pojawia się zakuta w zbroję piękna dziewczyna. Przybrana siostra Shido, Kotori, wyjaśnia mu, że należy do zwalczającej ich przyczynę organizacji Ratatosk, oraz że to dziewczyna jest powodem czasoprzestrzennych trzęsień, po czym nakazuje mu, by... udał się z nią na randkę. Kim jest piękna, a zarazem tajemnicza dziewczyna, czego tak naprawdę chce od niej organizacja i jak miłość może ocalić świat?
