Niedługo po uczestnictwie z Misato i Ritsuko w ślubie wspólnych znajomych, Ryoji Kaji rozpoczyna prowadzić śledztwo przeciwko NERV-owi, chcąc odkryć prawdę ukrywaną przez tą organizację. Shinji i Toji zostają po zajęciach aby posprzątać klasę a Asuka udaje się na randkę w ciemno. Po krótkim czasie Misato odkrywa, że Ryoji jest szpiegiem, jednak ten pokazuje jej co NERV przed nimi ukrywa.
