W trakcie lotniczego transportu Evy 03, Jednostka zostaje zarażona mikroskopijnym Aniołem ukrywającym się w chmurach. Podczas próby synchronizacji Evangeliona z pilotem, popada on w stan 'berserk' i natychmiast przekształca się w Anioła, Bardiela, który zmierza w kierunku Tokio-3. Evy 00, 01 oraz 02 przystępują do pokonania wroga, jednak gdy Shinji dowiaduje się, że ich przeciwnikiem jest zainfekowany Evangelion z pilotem uwięzionym w środku, nie chce podjąć walki.
