Shinji, przerażony i emocjonalnie zdruzgotany walką Jednostki 01 z Bardielem, decyduje się ostatecznie odejść z NERV-u. Niestety, gdy opuszcza Tokio-3, pojawia się w nim nowy Anioł, Zeruel, który bez trudu przedziera się do GeoFrontu po czym niszczy Jednostki 00 i 02. Shinji, nie chcąc dopuścić do śmierci bliskich mu osób, powraca do NERV-u jako pilot Evy 01 by pokonać Anioła.
