Misato zabiera Shinji'ego i jego przyjaciół, Toji'ego oraz Kensuke, na przelot do floty marynarki wojennej ONZ, która transportuje Jednostkę 02 wraz jej pilotką , Asuką, do Japonii. Opiekunem Asuki okazuje się być były chłopak Misato, Ryoji Kaji. Transport zdaje się przebiegać zgodnie z planem, do chwili gdy flotę atakuje morski Anioł, Gaghiel.
