A 23. században járunk. A U.S.S. Enterprise szövetségi űrhajó a rutin gyakorlómanővereit végzi, és úgy tűnik, James T. Kirk admirális beletörődött abba, hogy ez az ellenőrző körút talán pályájának utolsó küldetése lesz. De Khan visszatért. Genetikus szuperlényekből verbuvált száműzött csapata segítségével Khan - a 20. századi Föld briliáns renegátja - rajtaüt a Regula Egyes űrállomáson, ellopja a Genezis Project nevű, szigorúan titkos berendezést, magához ragadja egy másik szövetségi űrhajó irányítását, és most halálos csapdát készül állítani ősi ellenségének, Kirknek… mely az univerzális Armageddonnal fenyeget!
