Egy év telik el az előző évadtól, miközben Dean és Castiel a Purgatóriumban ragadtak, Sam pedig a megegyezésüknek megfelelően nem keresi a bátyját, hanem visszavonul a vadászattól. Véletlenül elüt egy kutyát és így összejön egy állatorvosnővel, akivel komoly kapcsolatba kezd. Közben Dean a Purgatóriumban összeismerkedik a Benny Lafitte nevű egykori vámpírral, aki segít neki, hogy kijusson cserébe, ha őt is kijuttatja. Dean valahol a vadonban esik ki egy portálon keresztül, a testében hordozva Benny lelkét, miközben Castiel ottragad a Purgatóriumban. Sam pedig őrlődik, mert mikor már komolyra fordult volna a kapcsolatuk Amelie-vel, megjelenik annak halottnak hitt katona férje. Dean feléleszti Bennyt, majd egyedül Rufus kunyhójába megy. Közben Sam is lelép a barátnője mellől, mert a nő nem tud dönteni közte és a férje között. Így találkoznak ismét a testvérek a kunyhóban össze. De mint kiderül, Sam olyannyira visszavonult a vadászélettől, hogy egyáltalán nem kísérte figyelemmel az eseményeket, így Kevin Tran, a prófétafiú kétségbeesett üzeneteit sem kapta meg. Dean nagyon megharagszik ezért és elindulnak felkutatni Kevint. Kevin Crowley fogságában volt ezalatt mint kiderül, aki a Démontáblát próbálta vele elolvastatni, de Kevin egy varázsigével kiszabadult, azóta bújkál. A Winchesterek megtalálják ugyan, de Crowley is, és megöli Kevin barátnőjét bosszúból. A fiúk ezek után összeszedik Kevin anyját is és nekivágnak annak a lehetetlen küldetésnek, amit Kevin olvasott ki a Démontáblából: hogyan lehet bezárni a Pokol kapuit örökre. Közben Castielt Naomi az új angyalfőnök angyalai kihozzák a Purgatóriumból, de castiel nem is sejti, hogy Naomi agymosást végez rajta és végig manipulálja, mert meg akarja találni általa a másik táblát, az ún. Angyaltáblát. A testvérek csodálatos módon találkoznak az időutazó nagypapával Henry Winchesterrel, akitől először hallanak a Men Of Letters nevű titkos társaságról, amely egykor együttműködött a vadászokkal és a természetfelettit kutatta. Henry nagypapa Abaddon elől menekül, aki egy nagyhatalmű démon (mint később kiderül a Pokol egyik Lovagja, és ő verte szét ezt a társaságot), de Henryvel karöltve a fiúknak sikerül megölniük Abaddont. Henry árulja el nekik a Men Of Letters társaság titkos bunkerjének a helyét is, amit aztán a fiúk birtokba vesznek és azóta is az az otthonuk. Utána kezdődnek a próbák, amiket ki kell állniuk, és amelyeket végül is Sam vállal el, hogy örökre becsukhassák a Poklok Kapuit. Majdnem véghez is viszi sok szenvedéssel, de közben felkutatják Metatront, Isten írnokát, hogy segítsen nekik, de ez ballépésnek bizonyul. Metatron aki évszázadok, ezredek óta elzárkózva él a Földön, értesülve a legújabb fejleményekről, nagyravágyó terveket kezd el kovácsolni magában. Közben a testvérek megint rossz döntést hozva, összerakják a "hidegre tett" Abaddont, hogy kísérletezzenek vele, mivel állítólag ki lehet űzni a démont egy megszállt emberből, anélkül, hogy az meghalna. Ám Abaddon cselesebb náluk és megszökik. Végül is a Poklot nem zárják be, ám Metatron a Mennyeket igen, amihez Castielt is felhasználja, és száműzi az angyalokat, Castielt pedig emberi létre ítéli, megfosztva angyali erejétől. Az angyalok mintegy meteoresőként hullanak alá az égből az évad végén.
