O Japão criou um exoesqueleto poderoso e armado designado de "Infinite Stratos” (IS), que se tornou no centro da indústria de armas. Como apenas as mulheres podem operar os IS, dominam a sociedade sobre os homens. Orimura Ichika é um rapaz de 15 anos que acidentalmente toca num IS presente na escola de treino de pilotas de IS. Ele acaba por se tornar no único homem capaz de operar um IS e é forçado a entrar na escola de treino. A dura vida escolar do Ichika rodeada de mulheres acaba de começar.
