ยานเอ็นเตอร์ไพรซ์กลับสู่ดาวโลกอีกครั้ง แต่แล้วเมื่อโลกถูกรุกรานโดยกลุ่มเอเลี่ยนนิรนาม ฝูงบินสตาร์ฟลีทถูกโจมตีจากภายใน จนก่อเกิดเป็นความเสียหายที่ทำให้โลกถึงคราววิกฤต การเบนเข็มภารกิจจึงเกิดขึ้นอีกครั้ง และนำมาสู่มิตรภาพครั้งใหม่ที่ทำให้กัปตันเคิร์ก (คริส ไพน์) ต้องชั่งใจ เมื่อมันอยู่บนความก้ำกึ่งระหว่างมิตรและศัตรู อนาคตของดาวโลกจะเป็นอย่างไร กัปตันและสมาชิกลูกเรือจะหาทางออกของปัญหาที่พวกเขาต้องเผชิญได้หรือไม่
