Черепашки-мутанти Леонардо, Донателло, Рафаель і Мікеланджело з допомогою їх наставника, щура-мутанта Сплінтера, який у минулому був майстром ніндзя, та з репортеркою Ейпріл О'Ніл борються зі злом у обличчі істоти Кренга з Виміру Ікс та його союзником, ніндзя Шреддером, давнім ворогом Сплінтера та багатьма іншими злочинцями. За весь серіал у Черепашок з'являється не лише багато ворогів, але й союзників — борця зі злочинністю Кейсі Джонсом, відомим своїми жорстокими методами, команду підлітків Нейтрино з Виміру Ікс, супергероя Людину-жука, підлітка Зака, молодого мотоцикліста Картера та відважних жаб-панків.
