Злісні «мишероботи» Бакстера Стокмана нападають на дівчину Ейпріл О'Ніл. Але в цей момент Черепашки Ніндзя приходять їй на допомогу і вона стає їх подругою. Пізніше вони знайомляться з Кейсі Джонсом — Нічним Месником в масці. І ось так Черепашкам Ніндзя і їх Сенсею треба перемогти ворогів і йти назустріч пригодам.