Звичайне випробування за участю пілотів EVA перетворюється на боротьбу за виживання, коли в штаб-квартирі NERV з’являється і поширюється ангел абсолютно нового типу. Цей новий, схожий на комп’ютер, ангел загрожує самознищенням усього об’єкта, залишаючи доктора Ріцуко Акагі в гонці з часом, щоб врятувати GeoFront і знищити Ангела.
